国立中央研究院（简称“中研院”）成立于年，是民国最高学术研究机构。下设物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史语言、国文学、考古学、心理学、教育、社会科学、动物、植物等十四个研究所。中研院是民国政府将西方现代学术制度引入民国中国的重要组成部分，具有划时代的意义。它网罗了中国学术界最为顶级的知识分子。
中研院是国民党四大元老（蔡元培、李石曾、吴稚晖、张静江）之一的蔡元培先生创立的，并担任中研院首任院长，其学术宗旨在于捍卫学术独立和思想自由，为践行该宗旨，蔡元培先生给后续中研院院长留下了传统——为保持各个研究所的独立与自由，中研院院长对各个所长只能是劝说而不能用行政命令。但凡事都有两面，该传统也让中研院在近代最为激烈的沧海桑田中，搬迁变得极为困难。许多研究院所内部通过投票，均是拒绝搬迁，选择留在大陆。
时间滚滚20年后，中研院开始实行院士制度。年，选举了81名院士，他们当时是民国中国最为聪明的大脑。这些诞生在内战烽火硝烟中的院士，是大陆第一届也是唯一一届院士选举。令人称道的是，院士选举“兼容并包”，只以学术成就高低为唯一准则，不考虑意识形态和政治取向。比如胡适、傅斯年就分别提名郭沫若为院士，而且居然入选。这些院士江浙籍贯人数最多，占比42%，而且这些院士中，有77名全部都有留学背景。下述是他们的留学国度，美国最多，其次是英国。另外人文组院士年龄偏大，他们继承了清代朴学传统。
仅仅过了8个月，去与留开始摆在每个院士面前。在天地玄黄之际，傅斯年、吴稚晖、王世杰等9人东渡台湾，胡适、赵元任、吴大猷等12人远走海外，陶孟和、苏步青、梁思成兄弟等近60人选择留守大陆。
院士制度继续在台湾延续。
年，胡适去美国后，一呆就是9年，期间也往返台湾讲学。年4月2日，在蒋介石邀请下，胡适回到台湾，决定担任国立中央研究院院长一职。当时迎接胡适回台的场面极其热闹，蒋介石派出陈诚、蒋经国、孙科、于右任、王云五等大员去机场迎接胡适。胡适在日记中写道：今天像新娘子。而台湾对胡适也是意义非常，他的父亲胡传先生曾主政台湾基隆，他发展农桑，禁吸鸦片，造福台湾子民，在台湾人心中，胡传是很有作为的一位父母官员。
而当时的胡适在母亲的携带下来到台湾陪伴父亲。年胡适从美国去台南演讲时，胡适到幼年居住过的一处遗址，亲手植下一棵榕树，写下“维桑与梓，毕恭毕敬。六十年前曾随先人寓居此地。今日重游，蒙诸老兄弟姐妹欢迎，敬纪谢意”。并深情地题下“游子归来”四个字。在台南各界设的欢迎宴会上，胡适说：“今天回到第二故乡台南，愿以台南市民身份，将来再回来看看自己手植的榕树。”而此后选择回到台湾的胡适成为台湾人心中“一等一的英雄”。
回到台湾的胡适受到的热烈欢迎胡适是自由派知识分子，对民主、法治、独立、自由的坚信从未改变。他一生也与政府保持距离，始终以政府的诤臣和诤友身份，批评和监督政府，当然除了抗战中担任驻美大使外，当时胡适认为此为“国家征调”，国家危亡之际，个人需要为国家贡献，不能推辞。
中研院院长是胡适担任的第二份学官，也是胡适继蔡元培后，成为中研院的第二任院长。第一次学官是国立北京大学校长。年11月，国民政府任命胡适担任中研院院张长，胡适原先是坚辞不就，但是到了12月份，病中的胡适毅然接受了此任命，胡适的遽然转身，令人耐人寻味。从胡适先生秘书胡颂平先生主编《胡适之先生晚年谈话记录》和《胡适之先生年谱长编初稿补编》可以窥见与竞选中研院院长的张其昀有关。
年7月27日，时任《自由中国》编辑的雷震给胡适信中说了一件小事：当时蒋经国大公子蒋孝文高中毕业分数为分，而当时高中毕业奖学金标准是分，蒋公子显然是不及格的。但是时任国民党教育部长的张其昀却希望通过。此事在教育部讨论许久，有人说总统孙子要出国，办法甚多，不必走考试这一条路。考试不能玩假的。但是张其昀在7月9日下午5点多，还是将蒋孝文的名字列在考取名单之内。
身为教育部长的张其昀利用违规的奖学金讨好蒋经国，若担任中研院院长也势必讨好蒋介石。而此时已经暗中拉票争取中研院院长的张其昀已经拉拢了梅贻琦等一派重要知识分子，胡适对张其昀的拉票不以为然，但是对于张其昀身为教育部长居然违规考试制度却耿耿于怀。
年12月15日，胡适在给老友赵元任的信中披露了他的心声，中研院是先贤蔡元培和丁文江等自由派知识分子创立的一个成果，向来奉行学术独立与思想自由，不受政治干扰，为捍卫学术尊严和自由精神，胡适决定担任中研院院长。
胡颂平先生在编写《胡适之先生年谱长编初稿》时，也披露了胡适给赵元任的信件，但是出版时当事人还在世，有人将涉及张其昀的多字全部删掉，后来胡颂平还是在《胡适之先生年谱长编初稿补编》中将此事原文恢复。
胡适与学生胡颂平《胡适之先生年谱长编初稿补编》中也有胡适对钱穆在蒋介石连任总统的评价和对钱穆评选院士的开放态度。
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