康熙二年(年)十月,清靖南王耿继茂以一百艘战船的规模,连同荷兰的+四艘精锐战舰,悍然向郑经的金门厦门一带发起进攻,由于先前明郑政权刚刚内讧过,势力受损严重,以致郑经很快不支,只好败退到铜山(今福建省漳州市东山县东山岛)、事后又不得不进入台湾岛。此战也证明,他比起他父亲的作战水准来,确实差了太多。但他也确实算条汉子,在铜山的时候,清军曾多次前来劝降,皆被郑经拒绝,一路上众叛亲离,却还是逃了出来。至此,郑成功当年辛苦打下的金门、厦门等据点,已经全部落入清军手中。从败退台湾岛开始,郑经就着手对台湾进行经营。一同随他来到台湾的,除了五千厦门、金门当地难民外。更有大批明朝宗室、儒生文士,而这些人也成了之后台湾发展的生力军。虽然如此,初到台湾的郑经,面临的却是一个内外交困的局面。首先是金门、厦门的丢失,使以贸易立本的明郑政权失去了连接内地的落脚点,之前他们的货物主要以金门、厦门为基地,同内地进行交易,如此一来,等于血管被卡断,经济一下陷入了困顿。与此同时,不甘心失去台湾的荷兰人也开始频频趁火打劫,就在明郑政权与清王朝相互攻杀之时,康熙三年(年),趁明郑政权风雨飘摇之时,荷兰东印度公司发动了旨在“收复”台湾的“远征”,以波特为舰队司令,率领两千六百名士兵,十六艘战舰,大举攻打台湾基隆港,结果腹背受敌的明郑军不支退去,基隆港沦陷。此外,荷兰人在海洋上也发动了对明郑政权的绞杀战,尤其是明郑外贸的重要基地东南亚地区,荷兰人见到明郑的商船就打,原本是明郑政权主要贸易来源的东南亚贸易,一度基本瘫痪了。
明代战船