年（光绪11年）台湾建省，省会设于桥孜图（今台中市），年省会改设于台北府。因需福建协饷，故在台湾巡抚官衔前加“福建”二字，全称为福建台湾巡抚。
福建台湾巡抚是台湾建省后的最高行政长官，遇事可以专主。官职为从二品，年薪约为两，养廉银则达1万两。
清代自台湾建省以来共有四任福建台湾巡抚依序为：
1、刘铭传（年9月7日—年1月12日）：安徽合肥（今肥西大潜山麓）人，人称“刘六麻子”。
世代务农，团练出身，从李鸿章的淮军“铭字营”中发家，俘太平军黄子隆以下两万余人，年仅28岁被清廷“补授直隶提督”，成为当时淮军将领中任军职最高的人。
指挥淡水之战以胜利结束，浇灭了法国企图侵占台湾的野心，也开启了台湾的近代化。
年（光绪十一年），清廷任命刘铭传为首任台湾省巡抚。在任五年，现在台湾的地方行政区划就是其当年巡视、查勘定下的；兴办了基隆煤矿；铺设了沪尾至福州的海底电缆；修建了台北至基隆的铁路等。堪称是“理台政治家第一人，台湾近代化之父”。
年（光绪十六年）因守旧派的反对和清庭的不支持被迫辞职，于次年离开台湾。
在甲午战败、割让台湾后，刘铭传“忧思郁结”，终至卧床不起。据说临死前朝着东方大喊“苍天啊，还我的台湾！”
刘铭传
2、沈应奎（年-年）：浙江省平湖县人。
附贡生出身，曾跟随左宗棠收复新疆，受左宗棠提拔担任了台湾民团的总领，后在台湾抗法战争中立下了赫赫战功，由刘铭传保荐担任了台湾第一任布政使，年任护理巡抚，正式成为台湾的最高长官。
3、邵友濂（年－年）：浙江余姚人。
同治四年（年）的举人，在曾纪泽与俄罗斯重新订约取回伊犁的过程中发挥过重要作用。
年（光绪十七年）4月补授台湾巡抚，因
其为母亲服丧，没有赴任由沈应奎代理巡抚，到10月份就任。
在台湾巡抚期间，修建了建省后的台湾通志，但目光如豆，停止绝大部分刘铭传时期的新政建设，导致台湾防务的空虚。谈不上罪人，但是其对台湾被割有不可推卸的责任。
邵友濂
4、唐景崧（年1月8日—年3月2日）：广西灌阳人。
同治四年（年）的进士，中法战争期间做刘永福工作，抵抗法军取得镇南关大捷。
光绪二十年（年9月22日）署理台湾巡抚，李鸿章签订《马关条约》割让台湾、澎湖，此时唐景崧力主抗倭，在台湾保卫战打响之前，福建水师提督杨岐珍已在三天前撤军内渡，不得已下唐景崧深夜变装逃走，登上德国商船“驾时”号，于五月十五日抵达厦门。
腐朽懦弱的清廷，再也没守住我们的宝岛台湾，当时也再也没有出现左宗棠一样的人。
唐景崧
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